しまじろうたちが暮らす自然豊かなちゃれんじ島で、次から次へ花が枯れていくという異常な現象が起きる。花屋を営むみみりんの家は臨時休業することになり、しまじろうの父親が大事に育ててきた花も枯れてしまい、島の人々は寂しい毎日を送るように。そんな中、しまじろうはみんなの秘密基地で花の国の女の子だというフフと出会う。彼女と夢で見た七色の花が枯れた花々を救う鍵ではないかと感じたしまじろうは、フフや仲間と一緒に七色の花を探す旅に出るが……。
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