西暦2150年。シリコン型生命体・フェストゥムとの戦いは、これまでと違った展開になっていた。破壊された北極ミールのかけらは独立したミールとなり、人類に戦いを挑んでくる。ところが一部のフェストゥムには人類との共生を選ぶものもあり、人類の中にもフェストゥムと同じ考えの者がいた。一方、竜宮島は2年前の来主操との出会いによってミールと対話できるようになり、アルヴィスの子たちは戦闘準備をしながらも敵を理解しようと考えていて……。