幾多もの世界と時間と人を内包する“知識の箱”と呼ばれる無重力の空間を死守するため、デュアルとドロシーは戦っていた。性格の異なる二人の任務は、ウイルスに侵された世界を消し去ることだった。ある日、いち早く新種のウイルスの出現を察知した彼女たちは、ウイルスに攻撃され記憶をなくした少女リモを救うが……。