正体不明のゲームウイルス生命体「パックマン」の感染が拡大し、人類は危機的状況に陥る。そんな中、仮面ライダーゴーストこと天空寺タケル(西銘駿)が感染。一方、研修医でもある仮面ライダーエグゼイドこと宝生永夢(飯島寛騎)は、敵の正体と感染源を突き止める。しかし、その真実はエグゼイドの運命を左右するものだった。