1942年４月。第二次世界大戦下のヨーロッパ戦線、北大西洋上で、ドイツの高性能潜水艦Ｕボート、Ｕ-571が故障のため停泊していた。Ｕボートは「エニグマ」と呼ばれる暗号器を駆使して、アメリカ合衆国軍、連合軍の巡洋艦、駆逐艦などを攻撃し、大きな被害を与えていた。そのため、この状況を利用して「エニグマ」を奪取するべく、提督はある重要なミッションの実行命令を下す。

　白羽の矢が立ったのは、第一次大戦で活躍した旧式の巡洋潜水艦Ｓ-33。ベテランの艦長、ダルグレン大佐の下に、タイラー大尉、エメット大尉、クロフ軍曹ほか選りすぐりの乗組員たちは、作戦の目的を知らされないまま艦に乗り込む。そこには、提督の命令により海軍のエリート、クーナン海兵隊少佐とハーシュ大尉の姿があった。彼らの立てた作戦とは、Ｓ-33の外観をＵボートそっくりに偽装し、Ｕ-571に奇襲をかけるというものだった。

　やがてＵ-571と遭遇したＳ-33は、ドイツ兵を装い奇襲作戦を仕掛ける。緊迫したやりとりがある中、タイラーたちは無事にエニグマを確保しＵ-571を占領する。作戦は半ば成功したかに見えたが、Ｕ-571の救助にやってきドイツ軍潜水艦の魚雷により、Ｓ-33は撃沈されてしまう。生き残ったのは、奇襲作戦に参加したタイラーたちだけだった。

Ｕ-571に閉じ込められ、ドイツ軍の巡洋艦に凄まじい爆雷攻撃を受けるタイラーたち。果 たして、「エニグマ」を無事にアメリカへ持ち帰ることはできるのか？

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