見どころ:弐瓶勉のコミックを基にポリゴン・ピクチュアズが制作したテレビアニメシリーズを、劇場版のために未公開だった別カットなどを追加して再構成。異生物によって太陽系が滅亡してから1,000年後を舞台に、残された人類が再び現れた敵である異生物との戦闘を繰り広げる。監督は、本作のテレビアニメ版のほか『名探偵コナン』シリーズなども手掛けてきた静野孔文。新規のシーンの挿入やカットの追加だけではなく、音響効果を再び制作し、テレビ版よりも迫力を増したロボットと異生物のバトルが楽しめる。
あらすじ:1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。